Заснування
На околицях міста височить чимало курганів. У так званому Мелітопольському кургані виявлено 2 скіфські поховання (IV ст. до н. е.). У них, окрім речей побуту (11 амфор), знайдено понад 3,5 тис. прикрас із золота, у тому числі золоту оббивку сагайдака із зображенням сцен із давньогрецької міфології. У Кизиярській балці виявлено сармато-аланське поховання (IV ст. до н. е.), де знайдено залізні вудила, бронзове дзеркало та інкрустовану коштовним камінням золоту діадему.
Про місцевість, де розташоване сучасне місто, є відомості в «Книге Большому Чертежу» (1627 рік). У ній згадується, що тут від Муравського шляху, який проходив уздовж правого берега річки Молочної, біля броду відгалужувався Ізюмський шлях. Під час російсько-турецької війни 1735—1739 рр. поблизу цієї переправи (Овечий брід) загін запорізьких козаків курінного отамана Микити Мойсеєва розбив Калмицький улус.
Перші згадки про місто припадають на 1769 рік, коли тут споруджено редут, у якому служили запорозькі козаки. У середині 1780-х років поблизу Овечого броду почали селитися сім’ї козаків, що перебували в караулі, вільнонаймані, які обслуговували військовий поштовий пост, відставні солдати і переселенці, що прямували до Криму в пошуках кращої долі. Ногайське поселення поблизу Овечого броду мало назву Кизияр (іноді кажуть про Кизил-Яр — від тюркської قیزل يار — кир. Къизил Яр — «червоний берег»)
Російська імперія
1816 року в Кизиярі проживало близько 200 осіб. Цього ж року його перейменували на Новоолександрівку (Новоолександрівську слободу).
Далі населення зростало переважно за рахунок нових переселенців. Так, 1838 року лише державних селян, переселених із різних губерній України і Росії, було 2130 чоловік.
Зрештою Новоолександрівку вирішили зробити центром Мелітопольського повіту Таврійської губернії. Тому 7 січня 1842 року надали поселенню статус міста і нову назву — Мелітополь (із давньогрецької (ἡ) Μελιτόπολις, себто «Медове місто», з τὸ μέλιτος (то ме́літос) — «мед», і ἡ πόλις (ге по́ліс) — «місто»). Це був один з небагатьох випадків, коли місто назвали на честь повіту (створеного під такою назвою ще 1784 року), а не навпаки.
Напередодні реформи 1861 року Мелітополь був типовим провінційним містечком. Населення його становило 5,3 тис. осіб, у тому числі 43 особи належало до дворянського стану, 25 — до духовного, 1346 — купецького; 1008 було міщан, 2474 — державних селян і понад 200 — військовослужбовців. Три п’ятих жителів міста займалися сільським господарством. У місті не було брукованих вулиць. Базарний майдан потопав у багнюці. Тут діяли 67 крамниць, багато товарних складів, 9 винних льохів, горілчані лавки, кав’ярні, харчевні тощо.
Впродовж 1870—1880 років у Мелітополі почало розгортатися виробництво сільськогосподарських машин, розвивалася борошномельна та харчова промисловість. На початку 1880-х років брати Классени відкрили невеличкий завод, який випускав жниварки, віялки, букери. Заснований тоді ж завод Голубчина виробляв обладнання для млинів, лагодив парові двигуни тощо. Став до ладу паровий млин братів Классенів та Нейфельда. Наприкінці XIX ст. у місті налічувалося близько 30 невеличких промислових підприємств. Проте Мелітополь розвивався переважно як торгове місто. Цьому сприяло прокладення у 1870-х роках Лозово-Севастопольської залізниці. Найбільшого значення набула торгівля хлібом, шкірою, вовною та іншими продуктами сільського господарства. У Мелітополі укладалися також торговельні угоди про експорт великих партій пшениці; діяли міський громадський банк, товариство взаємного кредиту, відділення Азово-Донського комерційного банку, торговельне кредитно-ощадне товариство, державна скарбниця, багато складів гуртової торгівлі.
Наприкінці XIX століття в Мелітополі налічувалося понад 16 тис. жителів, у тому числі 410 дворян, 42 особи духовного стану, 368 купців, 8037 міщан, 2763 військовослужбовців і 4136 селян. До міщан належали й робітники.
Українська революція
Після повалення царського режиму, в Мелітополі виник Громадський комітет, який перебрав на себе владні повноваження у місті та повіті. Комітет видавав газету «Відомості» (редактор – Олександр Ліберов). Був призначений повітовий комісар Тимчасового уряду.
Згідно з ІІІ Універсалом Української Центральної Ради Мелітополь став частиною щойнопроголошеної Української Народної Республіки. 30 листопада більшовик М. І. Пахомов виніс на голосування Ради пропозицію, щоб міська Рада визнала Раду Народних Комісарів у Петрограді, однак меншовики та есери виступили проти, і пропозиція не пройшла. Тільки 20 грудня мелітопольський Рада повністю перейшов під контроль більшовиків, а М. І. Пахомов став його головою. На кілька днів в Мелітополь увійшли війська Центральної Ради, але 30 грудня владу в місті знову повернулася до більшовиків. У січні 1918 року в Мелітополі були створені військово-революційний трибунал і військово-революційний штаб, що поклало початок червоного терору. З 21 по 23 січня 1918 пройшли з’їзди міського та повітового Рад. У Мелітополі виник Громадський комітет, який перебрав на себе владні повноваження у місті та повіті. Комітет видавав газету «Відомості» (редактор – Олександр Ліберов). Був призначений повітовий комісар Тимчасового уряду.
4 (17) березня 1917 року у місті на Базарній площі, перед Олександро-Невським собором відбувся мітинг на підтримку Тимчасового уряду. Того ж дня створена Рада робітничих депутатів на чолі із меншовиком А.Бархатовим. Улітку 1917 року відбулись вибори до Мелітопольської міської думи. Тоді ж виник осередок більшовиків на чолі із Костянтином Бронзосом, Л. І. Вітхіним, І. Є. Денисенком
Радянський період
Під час Голодомору 1932—1933 років померло щонайменше 3473 жителі міста.
Протягом Другої світової війни, 6 жовтня 1941 року внаслідок швидкого німецького наступу радянські війська покинули Мелітополь. Радянська влада повернула контроль над містом 23 жовтня 1943 року.
Перші післявоєнні роки були присвячені відновленню зруйнованого війною міста. Підприємства та установи повернулися з евакуації. Промислові підприємства відновлювалися і реконструювалися, і вже до кінця 1940-х років провідні підприємства Мелітополя перевищили довоєнний рівень виробництва.
Подальший розвиток промисловості міста було переважно пов’язано з машинобудуванням. Наприкінці 1950-х років на підприємствах міста був налагоджений випуск промислових холодильних установок, силових агрегатів для автомобіля «Запорожець» та іншої техніки. Другою важливою відросли промисловості міста залишалася харчова промисловість, переробна сільськогосподарську продукцію, що поставляється аграрними підприємствами регіону.
Незалежна Україна
Кінець XX — початок XXI століття
У перше десятиліття незалежності економіка України пережила глибоку кризу, який повною мірою торкнувся і економіку Мелітополя. Підприємства міста виявилися не готові до конкурренціі на світовому ринку, особливо в умовах загального спаду споживання, викликаного кризою. Ситуація погіршувалася недоліками системи управління, корупцією на всіх рівнях і прийшлася на першу половину 1990-х років гіперінфляцією. Підприємства скорочували виробництво, а іноді й повністю зупинялися. Проводилися масові скорочення співробітників. Спад виробництва за деякими одиницям продукції для мелітопольських предпритий в 1995 році в порівнянні з 1985 показаний в таблиці:
Багато будівництв, розпочаті на початку 1990-х років, були припинені, і частина з них не завершена досі. Зокрема, так і не була завершена прокладка Мелітопольського тролейбуса.
Економічний спад викликав і зниження народжуваності. Населення Мелітополя зменшилася приблизно пропорційно населенню України, з 173 000 чоловік в 1989 до 160 000 у 2001.
До початку 2000-х років в економіці Мелітополя намітилися позитивні тенденції. Першими з кризи почали виходити малі та середні підприємства.
У 2004 і 2005 роках важливими для міста подіями стали вибухи артилерійських складів у Новобогданівці, що призвели до перекриття залізниці та автомагістралі М18 і евакуації населення кількох сіл Мелітопольського району.
Російсько-українська війна
24 лютого 2022 року, внаслідок російського вторгнення 2022 року Мелітопольська авіабаза зазнала ракетного удару, а потім була атакована російськими окупаційними військами. Того ж дня президент Володимир Зеленський заявив, що «ворог намагається просунутися у напрямку Мелітополя».
26 лютого 2022 року увійшли війська РФ у Мелітополь і повністю окупували 1 березня 2022 року.
За словами президента України Володимира Зеленського, 11 березня російські окупанти викрали міського голову Мелітополя Івана Федорова та катували його. Наступного дня депутат міської ради Галина Данильченко проголосила себе виконавицею обов’язків міського голови і заявила, що «у місті створюється комітет народних обранців, який і керуватиме Мелітополем».
13 березня 2022 року Мелітопольська міська рада провела позачергову сесію, де звернулися до генерального прокурора України із закликом розпочати досудове розслідування про державну зраду щодо створення окупаційної адміністрації представниками партії «Опозиційний блок».
22 квітня 2022 року українські джерела повідомили про те, що місцеві партизани ліквідували понад 100 російських окупантів.
У квітні 2022 року військові та представники окупаційної адміністрації держави-агресора викрали історико-культурні цінності з Мелітопольського краєзнавчого музею. Серед вкраденого майна була колекція скіфського золота, що виявлена археологами у 1950-х роках.
З початку війни у місті та його околицях діє партизанський рух, який був сформований з місцевого населення. Партизани займаються підривом логістики, знищують коллаборантів і російських офіцерів. Активно співпрацюють з українською розвідкою.
